Por volta de 1850, a área da Barra Funda era a grande Chácara Carvalho, pertencente ao conselheiro Antônio Prado. A região nasceu de uma divisão do Sítio Iguape, de propriedade do barão de Iguape. Para se ter idéia da grandeza da chácara, basta dizer que o conselheiro Prado contratou Luigi Puci, responsável pelo projeto do museu do Ipiranga, para fazer o projeto da sede em estilo Luis XVI – a casa-grande da chácara. Ela ainda existe e é ocupada por uma escola católica da Congregação Madre Cabrini.

Antigamente, a barra do rio Tietê na região era muito funda – daí o nome do bairro. Nos últimos anos do século XIX, a chácara foi loteada e, por estar próxima do centro e receber trilhos da São Paulo Railway em suas terras, cresceu rapidamente. Com os trilhos e os moradores vieram também as indústrias, o que fez a região crescer depressa e desordenadamente. Uma parte da Barra Funda tornou-se bairro eminentemente operário, em que as epidemias de febre amarela, varíola e cólera eram constantes devido às más condições das moradias e aos freqüentes alagamentos do Tietê.